La historia de Monster Hunter Stories 3: Twisted Reflection gira en torno al nacimiento de un monstruo con un símbolo de desgracia que provoca una guerra entre dos reinos vecinos. Los herederos de estos reinos se embarcan en una aventura para descubrir la verdad tras este evento catastrófico. La sinopsis describe la aparición de Rathalos gemelos nacidos en un giro del destino, presagiando una nueva historia llena de acción y misterio.